Serdecznie zapraszamy pracowników IKiFP PAN na seminarium doktoranckie MSD, które odbędzie się 8 czerwca 2022 roku (środa) o godz. 11:00 w trybie zdalnym, na platformie Teams.
Mgr Patrycja Wojtoń (doktorantka prof. dr hab. Tomasza Pańczyka) wygłosi referat “Badanie oddziaływania niekanonicznych form telomerowych fragmentów DNA z nanorurkami węglowymi przy zastosowaniu metod dynamiki molekularnej”.
W celu otrzymania linku do spotkania proszę o kontakt na adres: anna.micek-ilnicka@ikifp.edu.pl
Abstrakt
Nić DNA najczęściej występuje w formie dwuniciowej helisy Watsona-Cricka, jednakże w jądrze komórkowym oprócz tej formy, wyróżnia się także części telomerowe DNA, które charakteryzują się wysoką powtarzalnością zasad nukleinowych. W wielu telomerach występuje od dwóch do pięciu powtórzeń sąsiadujących ze sobą na tej samej nici guanin z odpowiadającymi im cytozynami na drugiej nici. W wyniku tego wyróżnia się nici bogate w cytozynę i nici bogate w guaninę w których mogą formować się mniej poznane formy niekanoniczne DNA, takie jak i-motif (iM) i G-quadrupleks (Gq), które są obecnie obszarem aktywnych badań. Badania te obejmują poszerzenie wiedzy na temat ich roli, warunków ich występowania czy stabilności.
Struktury G-quadruplesku i i-motifu, które są w pewien sposób ze sobą sprzężone w większości badań opisanych w literaturze, są badane niezależnie, a wnioski dotyczące ich stabilności ograniczają się raczej do takich czynników jak temperatura, pH czy obecność kationów. W literaturze brakuje danych dotyczących wzajemnego wpływu tych dwóch struktur na siebie jak i opisu mechanizmu ich interakcji z innymi obiektami jak np. nanorurki węglowe (CNT). Z tego względu zaprezentowane w wystąpieniu badania dotyczą układów złożonych z telomerowych fragmentów DNA zawierających formy iM i Gq oraz CNT. Celem badań jest analiza mechanizmu tworzenia i stabilności termodynamicznej kompleksów utworzonych z w/w from DNA i nanorurek. Stabilność analizowanych układów rozpatrywano w zależności od pH oraz obecności CNT z uwzględnieniem roli takich parametrów jak: rodzaj grup funkcyjnych przyłączonych do CNT, miejsce ich przyłączenia, średnica, długość i chiralność użytych CNT.
Bodźcem do wykonania powyższych badań były doniesienia literaturowe w których stwierdzono, że stabilizacja iM przez karboksylowane CNT prowadzi do supresji aktywności telomerazy. Jednakże w dotychczas przeprowadzonych badaniach, naukowcy podkreślili, że szczegółowy mechanizm inhibicji telomerazy przez CNT oraz wynikające z niego dalsze konsekwencje dla rozwoju komórek nie są całkowicie poznane. Stąd też selektywne oddziaływanie
CNT z telomerycznym fragmentem DNA wymagało dalszych badań.