Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera Polskiej Akademii Nauk w Krakowie ogłasza konkurs na stanowisko Asystenta (post-doc) w grupie Adsorpcja do realizacji projektu OPUS 18 „Gruboziarniste modelowanie węglowodanów”.
Do Konkursu mogą przystąpić osoby, które spełniają warunki określone w Ustawie o Polskiej Akademii Nauk z dnia 30 kwietnia 2010 roku (Dz. U. 2018 poz. 1475 z póź. zm.), art. 89. Ust 4.
Kandydat będzie uczestniczył w badaniach prowadzonych w grupie Adsorpcja dotyczących parametryzacji gruboziarnistych pól siłowych z rodziny MARTINI opisujących zachowanie węglowodanów w ramach projektu badawczego OPUS 18: wg. skróconego opisu projektu: „Głównym celem projektu jest stworzenie narzędzi obliczeniowych do efektywnego badania zachowania węglowodanów oraz układów zawierających węglowodany drogą symulacji dynamiki molekularnej. Narzędzia te będą mieć charakter tzw. pól siłowych, czyli zestawów parametrów przybliżających oddziaływania jakie występują w realnych układach. (…) pragniemy skupić się na tzw. modelach gruboziarnistych (coarse-grained), które opierają się na uproszczonej reprezentacji cząsteczek, wprowadzając pseudoatomy symulujące zachowanie grup rzeczywistych atomów. (…) Zamierzamy stworzyć spójny zestaw parametrów obejmujący szereg naturalnych węglowodanów, posiadających rozmaite funkcjonalizacje, różne typy wiązań glikozydowych, możliwe rozgałęzienia w łańcuchu, itp. Ww. parametry będą kompatybilne z tymi już istniejącymi i dedykowanymi innym rodzajom biomolekuł (białka, lipidy, kwasy nukleinowe…)(…)”
W szczególności do obowiązków Asystenta należeć będzie:
- Prowadzenie symulacji szeregu układów biomolekularnych metodą dynamiki molekularnej na poziomie all-atom oraz coarse-grained;
- Analiza zebranych danych oraz interpretacja wyników ww. symulacji z ukierunkowaniem na właściwości konformacyjne oraz termodynamiczne;
- Opracowanie narzędzi (skrypty) służących do automatyzacji procedur;
- Przygotowywanie publikacji do czasopism o wysokim współczynniku oddziaływania;
- Przegląd literatury naukowej.