Oferta pracy w projekcie badawczym Opus 26
Nazwa jednostki: Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera Polskiej Akademii Nauk w Krakowie (IKiFP PAN), grupa badawcza „Biokataliza teoretyczna i eksperymentalna”.
Nazwa stanowiska: student/ka II stopnia -stypendysta/ka w projekcie Opus
Wymagania:
- tytuł zawodowy licencjata i/lub inżyniera z chemii, biotechnologii, fizyki, inżynierii biomedycznej, bioinformatyki lub nauk pokrewnych
- studia pierwszego stopnia ukończone z oceną co najmniej dobrą oraz bardzo dobra ocena pracy dyplomowej
- wyróżniająca aktywność naukowa (działalność w kołach naukowych, krajowe i międzynarodowe staże w grupach badawczych itp.)
- udokumentowany dorobek publikacyjny z obszaru modelowania molekularnego lub uczenia maszynowego
- praktyczna znajomość narzędzi do symulacji i przygotowania układów (np. Amber/AmberTools, tleap, cpptraj lub równoważne) oraz rozumienie podstaw obliczeń MM i symulacji MD,
- przynajmniej podstawowa znajomość systemu Linux, dobra znajomość Pythona, doświadczenie w pracy z systemami High Performance Computing (np. potwierdzona kursami na uczelni, niezależnymi kursami lub opiniami opiekunów stażów)
- przynajmniej dobra znajomość statystyki (np. potwierdzona kursami na uczelni lub niezależnymi kursami)
- biegła znajomość języka angielskiego umożliwiająca bezproblemową komunikację z anglojęzycznymi członkami zespołu,
- kandydat nie może być kierownikiem lub wykonawcą innych grantów NCN,
- zgoda promotora na realizację pracy magisterskiej w ramach projektu OPUS 26 (w wymiarze co najmniej 20 h/tydzień w czasie V roku studiów),
- kandydat musi mieć status studenta II stopnia.
Ocena wniosku o przyznanie stypendium będzie prowadzona w oparciu o zasady „Regulaminu przyznawania stypendiów naukowych w projektach badawczych finansowanych ze środków Narodowego Centrum Nauki”. Zgodnie z tymi zasadami 50 % punktów zostanie przyznanych za osiągnięcia naukowe kandydata(ki), 20% za wyróżnienia wynikające z prowadzenia badań naukowych, stypendia, nagrody oraz doświadczenie naukowe zdobyte poza macierzystą jednostką naukową w kraju lub za granicą, warsztaty i szkolenia naukowe, udział w projektach badawczych oraz 30% za kompetencje do realizacji określonych zadań w projekcie badawczym
Opis zadań: Praca naukowa w ramach projektu Opus nr umowy UMO-2023/51/B/ST4/01224 zatytułowanego “Wolframowa Oksydoreduktaza Aldehydów – nowa hydrogenaza. Badania mechanizmu reakcji i potencjalnych zastosowań biokatalitycznych” dotycząca prowadzenia symulacji dynamiki molekularnej oksydoretuktazy aldehydów z wykorzystaniem pakietu AMBER i metod uczenia maszynowego
Do obowiązków studenta będzie należeć:
- prowadzenie symulacji metodami dynamiki molekularnej w oparciu o oprogramowanie AMBER
- wykorzystanie modeli uczenia maszynowego (np. Alphafold, Bioemu) do przewidywania konformacji enzymu na podstawie znanej sekwencji
- pełnoatomowa rekonstrukcja modeli otrzymanych z uczenia maszynowego i porządkowanie otrzymanych struktur do dalszych obliczeń
- minimizacja geometrii i testy stabilności struktur oraz diagnostyka problemów
- analizy statystyczne otrzymanych geometrii (np. RMSD/RMSF, odległości/geometryczne deskryptory miejsca aktywnego, PCA)
- klasteryzacja konformacji i wybór reprezentantów do dalszych etapów obliczeń/interpretacji
- automatyzacja pipeline’u (Python) i uruchamianie zadań w centrum superkomputerowym PL-GRID (SLURM), raportowanie wyników zespołowi
Warunki zatrudnienia:
Miejsce pracy: Kraków, Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera Polskiej Akademii Nauk
Stypendium 1000 PLN miesięcznie przez 3 m-ce może otrzymywać jedynie osoba spełniająca wymogi określone w „Regulaminie przyznawania stypendiów naukowych w projektach badawczych finansowanych ze środków Narodowego Centrum Nauki”. (https://www.ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2022/uchwala124_2022-zal1.pdf)
Termin składania ofert: 31 marca 2026 r godz. 15.00.
Początek zatrudnienia: nie później niż 3 kwietnia 2026.
Forma składania ofert: na adres e-mail: maciej.szaleniec@ikifp.edu.pl z tytułem wiadomości „magistrant 2 – Opus 26 ” lub pocztą tradycyjną na adres: Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera Polskiej Akademii Nauk, ul. Niezapominajek 8, 30-239 Kraków z dopiskiem „magistrant 2 – Opus 26”.
Wymagane dokumenty:
- dyplom ukończenia studiów pierwszego stopnia
- CV uwzględniające dotychczasowe osiągnięcia naukowe: staże naukowe w kraju i za granicą, udział w warsztatach, projektach badawczych, autorstwo / współautorstwo w artykułach naukowych oraz uczestnictwo w konferencjach, potwierdzone abstraktami lub certyfikatami uczestnictwa
- opinia opiekuna naukowego / przełożonego (np. pracy licencjackiej, praktyk zawodowych, opiekuna naukowego, promotora)
- potwierdzenie wymaganych umiejętności (np. poprzez referencje, certyfikat uczestnictwa w konferencji, opinie opiekunów stażów)
- zgodę obecnego Promotora/Opiekuna pracy na pracę w projekcie Opus 26
Komisja Konkursowa zastrzega sobie prawo przeprowadzenia rozmowy z wybranymi kandydatami (o miejscu i czasie rozmowy kandydaci zostaną poinformowani drogą elektroniczną). W podaniu i CV należy umieścić następującą klauzulę: „Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych zawartych w mojej ofercie pracy dla potrzeb niezbędnych do realizacji procesu rekrutacji” (zgodnie z ustawą z dnia 29 sierpnia 1997 roku o ochronie danych osobowych, Dz. U. Nr 133, poz. 883 z późniejszymi zmianami).
Dodatkowe informacje:
Dalszych informacji udziela kierownik projektu: prof., dr hab. Maciej Szaleniec, Instytut Katalizy i Fizykochemii Powierzchni im. Jerzego Habera Polskiej Akademii Nauk, ul. Niezapominajek 8, 30-239 Kraków, e-mail: maciej.szaleniec@ikifp.edu.pl, tel: +48 12 6395 218